As atividades de pesquisa do Jaguar Juruena são focadas ao longo do rio Juruena ao norte do estado de Mato Grosso ao sul da Floresta Amazônica.

Esta região está inserida dentro do Arco do Desmatamento, onde o ambiente amazônico sofre um acelerado processo de transformação. As áreas de floresta nativa estão sendo substituidas por pastagens e há uma intensa exploração madereira modificando a integridade do que restou de floresta nas reservas legais.